為讓高中科學班能培育基礎科學人才，教育部研擬單獨招生管道，將以科學班高二升高三資格考取代大學學測，讓畢業生能直升大學的數學、物理等基礎科學科系，最快從103學年實施，但只適用當年入學的高一新生，舊生還是要參加學測或指考。
教育部98年設立高中科學班，目前有9所高中獲准設立、共9個班，科學班學生在高一、二時就上完高中三年課程，所以最後一年都是全力力拼學測、指考，希望能考上臺大醫科等明星科系，學生根本無意從事基礎科學研究，以今年科學班第一屆145名畢業生來看，選擇基礎科學只有36人，佔畢業生的24.8%，與當時想培植基礎科學人才的目標，有很大落差。教育部中教司長張明文表示，為解決科學班的弊病，教育部研擬設立科學班單獨升學管道，只要科學班學生通過資格考，就能直升大學，但只限基礎科學科系，電機系、醫學系等熱門科系排除在外。
張明文司長強調，未來高中科學班名額只會減少不會增加，目前規劃先修大學法，讓科學班學生也能優待入學，再訂定科學班升學辦法，一旦修法通過，最快103學年實施，不過目前就讀科學班的學生都不受影響。
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